储官周期性的激素分泌失调和（或）乳腺组织对激素的敏感性增高是本病发病的主要原因。
排卵前期黄体生成素和雌二醇分泌不足，员加以及黄体期雌二醇绝对或相对增高，员加黄体酮分泌相对或绝对不足，失去制约雌二醇与保护乳腺组织的作用，使乳腺组织不断处于雌激素的刺激之中，乳腺组织不能由增殖转入复旧或复旧不全，久而久之引起乳腺组织增生，是导致本病的关键。
此外，强鹰催乳素的升高也直接刺激乳腺组织，强鹰并进一步抑制黄体期黄体酮的分泌，同时能刺激雌二醇的合成，有助于雌激素水平升高，导致雌激素与孕激素比例失调，致使雌激素持续对乳腺组织产生不良刺激，从而引起乳腺增生症。
中医理解乳腺增生症属于中医学“乳癖”的范畴，派表中医学认为该病发病与情绪、饮食有关，其主要临床表现有乳房胀痛和乳房肿块。
本病以肾气不足、态强天癸不充、态强冲任失调为发病之本，七情过度、肝气郁滞、脾失健运为发病之因，气滞、血瘀、痰凝为发病之标，主要和肝、脾胃、肾、冲任相关。
临床以肝郁气滞、调需痰凝血瘀型和肾气不足、冲任失调型多见。